โบสถ์ซานโตนิโญคือชื่อที่รู้จักกันโดยทั่วไป มีชื่ออย่างเป็นทางการว่า มหาวิหารรองซานโตนิโญแห่งเซบู หรือ “บาซิลิกา มิโนเร เดล ซานโตนิโญ เดอ เซบู (Basílica Minore del Santo Niño de Cebu)”  โบสถ์ที่เก่าแก่ที่สุดของประเทศฟิลิปปินส์ สร้างขึ้นเมื่อค.ศ.1565 ที่เมืองเซบู(ปัจจุบันคือ “เซบูซิตี้”) ได้รับการยกย่องว่าเป็นโบสถ์โรมันคาทอลิกที่เก่าแก่ที่สุดที่มีการสร้างขึ้นในฟิลิปปินส์

            สถาปัตยกรรมของโบสถ์ซานโตนิโญในสมัยแรกนั้น สร้างขึ้นโดยคณะนักบุญออกัสติเนียนชาวสเปนเมื่อค.ศ.1565 ในตอนแรกนั้น โบสถ์หลังเดิมเป็นเพียงโบสถ์คริสตจักรเล็กๆ ใช้ชื่อว่า “โบสถ์และคอนแวนต์แห่งนักบุญอากุสติน (Church and Convent of Saint Augustine)”  สร้างขึ้นจากไม้เนื้อแข็ง ดิน และมุงด้วยใบปาล์ม แต่เพียงปีเดียวก็ประสบกับเพลิงไหม้จนเสียหายทั้งหมด ครั้นต่อมา ในปีค.ศ.1605 จึงได้มีการสร้างโบสถ์ซานโตนิโญขึ้นมาใหม่อีกครั้งในสถานที่ตั้งเดิม จนแล้วเสร็จเมื่อค.ศ.1626 แต่แล้วไม่นาน ก็เกิดอัคคีภัยอีกครั้ง ทำให้โบสถ์ถูกเผาไหม้เมื่อค.ศ.1628 ดังนั้น เมื่อมีการสร้างขึ้นใหม่อีกเป็นครั้งที่สาม จึงได้ใช้โครงสร้างโบสถ์ด้วยหินและอิฐ แต่ต้องหยุดชะงักเพราะปัญหาของก้อนอิฐที่ไม่มีคุณภาพ กระทั่งล่วงถึงค.ศ.1735  คณะรัฐบาลสเปนประจำเกาะเซบูได้ดำเนินการบูรณะและสร้างโบสถ์ซานโตนิโญด้วยโครงสร้างแบบยุโรปที่มั่นคงแข็งแรง มอบหมายให้บาทหลวงฮวน เดอ อัลบาร์รัน(Juan de Albarran)เป็นสถาปนิกในการออกแบบและก่อสร้างจนเสร็จสมบูรณ์เมื่อปี 1740 และมีการสร้างอาคารนักบวชและหอสมุดเพิ่มเติมในปี 1764  

            ลักษณะสถาปัตยกรรมของโบสถ์ซานโตนิโญใช้โครงสร้างด้วยการก่อหินแบบโรมาเนสก์ จึงมีความแข็งแรงทั้งในส่วนของกำแพงและตัวโบสถ์ หลังคาจั่วสามเหลี่ยม ผนังด้านหน้าแกะสลักภาพของนักบุญองค์สำคัญในคริสต์ศาสนา หอระฆังถูกสร้างอยู่ทางปีกซ้ายของตัวโบสถ์ หลังคาด้านในใช้ระบบหลังคาโค้งหรือโวลท์ (Vault) ทำให้พื้นที่ภายในมีความกว้างขวาง เพดานหลังคาวาดด้วยจิตรกรรมสีเฟรสโกเกี่ยวกับโมเสสและบัญญัติสิบประการ อาดัมและอีฟในสวนอีเดน และเรื่องราวในพระคัมภีร์  ต่อมา เมื่อปีค.ศ.1965 สำนักวาติกันแห่งกรุงโรมได้ตระหนักเห็นความสำคัญของโบสถ์ซานโตนิโญ จึงได้ประกาศยกสถานะให้เป็น “บาซิลิกา มิโนเร (Basílica Minore)” หรือ มหาวิหารรอง ด้วยเล็งเห็นว่าความสำคัญของสถานที่แห่งนี้เปรียบดั่งการค้ำชูคริสต์ศาสนาในทวีปเอเชียให้ยั่งยืนรุ่งเรือง           

                 นอกจากนี้  โบสถ์ซานโตนิโญยังมีชื่อเสียงเป็นที่รู้จักทั่วฟิลิปปินส์ เพราะ ณ สถานที่นี้เป็นที่ประดิษฐาน “ประติมากรรมพระกุมารซานโตนิโญแห่งเซบู (Santo Niño de Cebú)” ซึ่งเป็นประติมากรรมศักดิ์สิทธิ์ และเป็นศูนย์รวมจิตใจของชาวฟิลิปปินส์ทั้งประเทศ ในเดือนมกราคมของทุกปี จะมีงานเฉลิมฉลองอย่างยิ่งใหญ่ที่โบสถ์ซานโตนิโญเพื่อสดุดีในความศักดิ์สิทธิ์ของพระกุมาร

            เมื่อไม่นานมานี้ ในปี 2013 ที่ผ่านมา ได้เกิดแผ่นดินไหวที่เกาะโบโฮล ขนาด 7.2 ริกเตอร์ แรงสั่นสะเทือนได้ทำให้ผนังส่วนด้านหน้าของโบสถ์ซานโตนิโญพังลงและภาพจิตรกรรมสีเฟรสโกภายในโบสถ์ปริแตกเสียหาย