โบสถ์ซานอากุสติน ตั้งอยู่แถบกำแพงเมืองเก่าของอินตรามูโรส(Intramuros)ทางฝั่งตะวันตกของกรุงมะนิลา เป็น 1 ใน 4 โบสถ์ฟิลิปปินส์ที่ก่อสร้างขึ้นในระหว่างช่วงฟิลิปปินส์เป็นอาณานิคมของสเปน ได้รับการคัดเลือกให้เป็นมรดกโลกเมื่อปี 1993 ในฐานะสถาปัตยกรรมชั้นเยี่ยมลักษณะแบบโบสถ์บาโรกในประเทศฟิลิปปินส์ ปี 1976 รัฐบาลฟิลิปปินส์ได้กำหนดให้เป็น “ศูนย์กลางประวัติศาสตร์แห่งชาติ(National Historical Landmark)”

           ประวัติที่มาของโบสถ์ซานอากุสตินที่อินตรามูโรสแห่งนี้ สร้างโดยคณะนักบุญออกัสติเนียนชาวสเปน นับเป็นคริสตจักรแห่งที่ 3 ที่สร้างขึ้น เพราะบนหน้าประวัติศาสตร์มีบันทึกไว้ว่า โบสถ์ซานอากุสตินแห่งแรกสร้างขึ้นเมื่อค.ศ.1571 บนเกาะลูซอน โดยสถาปนิกชาวสเปน ใช้โครงสร้างจากไม้ไผ่และใบปาล์มตามแบบสิ่งปลูกสร้างพื้นเมืองแบบฟิลิปปินส์ แต่ทว่าถูกไฟไหม้เผาผลาญไปหมดสิ้นเมื่อปี 1574 จากการโจมตีมะนิลาของกองกำลังโจรสลัดลิมาฮง (Limahong)หรือกลุ่มโจรสลัดหลินฟ่ง (Lin Feng pirate forces)  ต่อมา ได้มีการสร้างโบสถ์ซานอากุสตินหลังที่ 2 สร้างขึ้นใหม่อีกครั้งในตำแหน่งที่เดียวกัน และมีการเปลี่ยนมาใช้โครงสร้างมาเป็นไม้ทั้งหลัง แต่ไม่นาน ในปีค.ศ.1583 ก็ประสบกับอัคคีภัยจากอุบัติเหตุ ทำให้อาคารโบสถ์ทั้งหลังมอดไหม้ไปจนหมด ดังนั้น โบสถ์ซานอากุสตินที่อินตรามูโรสที่สร้างขึ้นเมื่อค.ศ.1571 แห่งนี้ จึงนับเป็นหลังที่ 3 ที่สร้างเสร็จสมบูรณ์และยังคงอยู่จนถึงปัจจุบัน การก่อสร้างยังคงสร้าง ณ ตำแหน่งเดิมบนพื้นที่โบสถ์เก่าทั้งสองหลังในอดีต

           แต่เดิมนั้น การก่อสร้างมหาวิหารหรือศาสนสถานแบบโบสถ์บาโรกที่ปฏิบัติในแถบทวีปยุโรปนั้น อาจไม่เหมาะสมกับสภาพดินฟ้าอากาศและสภาพผิวดินของหมู่เกาะต่างๆในฟิลิปปินส์ เมื่อคณะสงฆ์จากสเปนเข้ามามีบทบาทต่อสังคมและศาสนา จึงได้มองเห็นว่าโครงสร้างสถาปัตยกรรมแบบท้องถิ่นเดิมของชาวพื้นเมืองที่สร้างจากไม้ไผ่และหลังคาหญ้านั้น ไม่แข็งแรงถาวร จึงได้ดำริที่จะให้มีการเปลี่ยนมาใช้วัสดุประเภทหิน โดยให้ช่างชาวจีนและชาวฟิลิปปินส์นำหินมาตัดก้อนเป็นเหลี่ยม วางหินก้อนใหญ่ก่อผนังด้านหน้าเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าจนถึงยอดหลังคา และสร้างค้ำยันด้านข้างให้เกิดความมั่นคงแข็งแรงเพียงพอต่อการรับแรงสะเทือนจากแผ่นดินไหว และนิยมแยกสร้างหอระฆังไว้ด้านนอกของอาคาร ดังเช่นที่เห็นที่โบสถ์ซานอากุสตินแห่งนี้ แต่เดิมนั้น สร้างเป็นหอระฆังแฝดสองหลังคู่กัน แต่หอระฆังทางด้านขวาได้พังทลายลงในตุการณ์แผ่นดินไหวเมื่อค.ศ.1863 และ 1889

           โบสถ์ซานอากุสตินที่อินตรามูโรส นับเป็นตัวอย่างชั้นเยี่ยมของสถาปัตยกรรมยุโรปแบบบาโรกตะวันตกที่โดดเด่นด้วยการประดับประดาโครงสร้างอย่างวิจิตร เน้นการให้แสงเงาตัดกัน โดยปรับให้เข้ากับสภาพอากาศของฟิลิปปินส์ โคมระย้าทองขนาดใหญ่ห้อยลงมาจากเพดานทรงโค้ง บริเวณด้านนอกเป็นส่วนของหอระฆังที่สร้างขึ้นจากหินปะการังทั้งหลัง ลักษณะทางสถาปัตยกรรมของโบสถ์ซานอากุสติน สร้างในรูปแบบเรียบง่าย ผนังโบสถ์ใช้สีครีมและขาวตัดกัน เสาด้านหน้าเป็นแบบดอริกแต่หัวเสาเป็นแบบคอรินเธียน  บานประตูแกะสลักรูปนักบุญออกุสตินและนักบุญโมนีกาอย่างงดงาม บริเวณอาคารด้านข้างยังสร้างเป็นพิพิธภัณฑ์เพื่อเก็บรักษาโบราณวัตถุและของล้ำค่า  นอกจากนี้ ยังมีเรื่องเล่าขานกันว่า เมื่อครั้งเกิดเหตุการณ์กรุงมะนิลาถูกทิ้งระเบิดในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 โบสถ์ซานอากุสตินเป็นสิ่งก่อสร้างเพียงแห่งเดียวของแถบอินตรามูโรสในกรุงมะนิลาที่รอดพ้นจากระเบิดในครั้งนั้นอย่างปาฏิหารย์