เจดีย์พระประโทน หรือ พระประโทณเจดีย์ อยู่ในพื้นที่ของวัดพระประโทณเจดีย์ ตำบลพระประโทน อำเภอเมืองนครปฐม จังหวัดนครปฐม เป็นโบราณสถานอันเก่าแก่สมัยทวาราวดี  รูปแบบสถาปัตยกรรมนั้นใช้การก่ออิฐของพระประโทณเจดีย์เป็นเจดีย์ที่ก่อด้วยอิฐ ฐานเป็นรูปสี่เหลี่ยม  บริเวณรอบๆพระประโทณเจดีย์มีการจัดวางผังอย่างดีเยี่ยม ส่วนด้านบนเป็นสถูป แต่ทว่าส่วนของสถูปด้านบนที่สร้างมาแต่เดิมนั้นพังทลายไปหมดแล้ว แต่เดิมนั้นเชื่อว่า มีหลักฐานการก่อสร้างที่สวยงามและสมบูรณ์มากแห่งหนึ่ง และเชื่อว่ามีลวดลายปูนปั้นประดับอยู่มากมาย แต่ก็เสียหายไปมากตามกาลเวลาและการบูรณะในภายหลัง นอกจากนี้ โบราณวัตถุที่ขุดพบในบริเวณนี้มีหลายอย่างเช่น พระพุทธรูป ลูกประคำ พระพิมพ์ดินเผาสมัยทวาราวดี ฯลฯ  โบราณวัตถุเหล่านี้บางส่วนได้นำไปเก็บรักษาไว้ที่พิพิธภัณฑ์สถานแห่งชาติ พระปฐมเจดีย์
           เมื่อสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 กรุงรัตนโกสินทร์ ได้มีการสร้างพระปรางค์จำลองขึ้นบนฐานเนินดินพระประโทณเจดีย์ โดยรื้ออิฐและปูนปั้นจากด้านบนของเนินดินเจดีย์โบราณไปสร้างเป็นพระปรางค์ใหญ่ เพื่อเป็นรูปจำลอง ตามรูปแบบที่เชื่อว่าเป็นองค์พระปฐมเจดีย์องค์เก่า ในสมัยก่อนหน้าการสร้างเจดีย์ทรงลังกาใหญ่ครอบแบบที่เห็นในปัจจุบัน