โบสถ์ซานโตนีโญแห่งตอนโด เป็นโบสถ์นิกายโรมันคาทอลิก ตั้งอยู่ที่เขตตอนโด กรุงมะนิลา ในอดีตนั้น สถานที่ตั้งของโบสถ์เคยเป็น “บารังไกตอนโด” ภายใต้การปกครองของสุลต่านสุไลมาน ผู้ครองไมนีลัต หรือ มะนิลาในปัจจุบัน
ประวัติการก่อสร้างโบสถ์ซานโตนีโญแห่งตอนโด ถูกสร้างและบูรณะขึ้นมาใหม่อีกหลายครั้ง ตัวโบสถ์หลังใหญ่หลังแรกก่อสร้างเมื่อปี ค.ศ.1572 หลังจากนั้น ในปี ค.ศ.1645 ตัวโบสถ์ใหญ่พังทลายลงเพราะได้รับความเสียหายจากแผ่นดินไหว ภายหลังการบูรณะ ตัวอาคารโบสถ์และคอนแวนต์ได้รับการปรับปรุงให้เสริมความแข็งแรง รวมทั้งเพิ่มในส่วนของความสวยงามด้วยการแกะสลักบนแผ่นหินลงไป ตัวโครงสร้างสมบูรณ์สร้างเสร็จในปี ค.ศ.1695 รวมทั้งในส่วนของคอนแวนต์ ได้ขยายจนมีขนาดใหญ่โตขึ้นในปี ค.ศ.1728 แต่ไม่นาน ก็ได้รับความเสียหายอย่างหนักในค.ศ.1863 จากแผ่นดินไหวครั้งใหญ่ หลังจากนั้นได้มีการบูรณะใหม่เป็นครั้งที่ 3 ในระหว่าง ค.ศ.1874-80 โดยมีสถาปนิกชื่อว่า “ลูเซียโน โอลิเวอร์ (Luciano Oliver)” เป็นผู้ออกแบบการก่อสร้างครั้งใหม่ โดยใช้โครงสร้างจากแผ่นเหล็กซึ่งนำเข้าจากประเทศอังกฤษ การใช้เหล็กเสริมในส่วนอาคารและหลังคาโดม ทำให้มีความคงทนแข็งแรง สามารถทนต่อแรงสั่นสะเทือนของผิวดิน
ลักษณะทางสถาปัตยกรรมของโบสถ์ซานโตนีโญแห่งตอนโดในปัจจุบัน เป็นสถาปัตยกรรมตะวันตกแบบนีโอ-คลาสสิก ความสูง 65 เมตร กว้าง 22 เมตร การก่อสร้างใช้วัสดุหลักจากหิน ซีเมนต์ ทราย และเสริมโครงสร้างหลักด้วยเหล็ก มีการออกแบบแบบสมมาตร ด้านบนสร้างแบบวิหารจั่วสามเหลี่ยมปลายแหลม เสริมรูปแบบให้ดูยิ่งใหญ่ด้วยเสาไอโอนิกติดผนัง ในส่วนของหอระฆังมีความสูง 3 ชั้น ตั้งอยู่ทั้งสองด้านซ้าย-ขวาติดกับตัวโบสถ์ใหญ่ หลังคาโดมแปดเหลี่ยมสีขาวทั้งบนหอระฆังและเหนือยอดโบสถ์ ซึ่งแปลกไปกว่าโบสถ์หลังอื่น ๆ บริเวณด้านหน้าทางเข้าสู่ประตูโบสถ์ ยังสร้างให้เป็นมุขยื่นออกสู่ด้านนอก โดยมีทางขึ้นเป็นขั้นบันไดยกพื้นสูง เสริมให้เกิดความโดดเด่นทางสถาปัตยกรรม
นอกจากนี้ ด้านในของโบสถ์ซานโตนีโญแห่งตอนโด ยังมีชื่อเสียงในฐานะที่เป็นสถานที่ประดิษฐานประติมากรรม “พระกุมาร” หรือ “พระเยซูองค์น้อย” หรือในภาษาสเปนเรียกกันว่า “ซานโต นิโญ (Santo Nino)” อีกพระองค์หนึ่ง ซึ่งจะแตกต่างจากพระกุมารซานโตนิโญแห่งเซบู (Santo Niño de Cebú) และในทุก ๆ สัปดาห์ที่ 3 ของเดือนมกราคมของทุกปี ที่กรุงมะนิลา จะมีพิธีขบวนแห่พระกุมารอย่างยิ่งใหญ่ ฝูงชนจากทั่วทุกสารทิศจะมาชุมนุมและเข้าร่วมพิธีแห่พระกุมารที่นี่